La ecología se caracteriza por ecosistemas que van desde el páramo hasta las asociaciones y formaciones bióticas propias de los valles interandinos cálidos y semicálidos, comprendidos estos en el nicho de la cuenca del río Guaitara.
El bosque como tal queda únicamente en las partes altas, en una faja altitudinal de 3200 a 3600 m.s.n.m correspondiente al sector en común; aquí nacen las distintas corrientes de agua.
El Municipio tiene una variedad de clima que va desde el templado a frío e inmediaciones de páramo: una extensión de 24 kilómetros es de clima medio, 74 kilómetros es de clima frío y 13 kilómetros corresponden a páramo.
En los meses más fríos del año que son mayo y octubre, la temperatura promedio está comprendida en 12 grados centígrados y en los meses más calurosos que son junio y agosto, la temperatura llega hasta 18 grados centígrados en clima frío y 23 grados centígrados en clima medio.
La resolución número 052 de 1985 crea el Santuario de Flora y Fauna Galeras y mediante Acuerdo Número 013 del 20 de enero de 1985 se conforma la Reserva de Flora y Fauna Galeras, para preservar especies animales y vegetales; la superficie aproximada es de 7615 hectáreas, ubicándose dentro de las jurisdicciones de Pasto, La Florida, Sandoná, Consacá, Yacuanquer y Tangua.
Yacuanquer cuenta con 815 hectáreas dentro del Santuario de Flora y Fauna Galeras, dentro de las cuales destacan sitios muy importantes desde todo punto de vista, como los son la Laguna de Télpis y la Laguna de Mejía, que no solo representan la belleza geográfica del Municipio, sino también una escenario que hace ver la necesidad de conservar el medio ambiente.
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